Сергей Никоненко был трижды женат. С первой супругой он прожил недолго и развёлся, когда узнал о том, что в тайне от него она сделала аборт. Через некоторое время он снова женился. Избранницей стала модельер Евгения Соловьёва. Супружеская жизнь продлилась полгода. Затем жена сообщила актеру, что влюбилась в другого и подала на развод.
Вот только долго изменщица с новым ухажером не прожила. Он предал её, после чего Евгения вернулась к бывшему мужу, попросив принять её обратно. Но Никоненко такой расклад не пришёлся по вкусу.
«Она пришла ко мне и призналась, что полюбила другого человека. Что ж, я буду возражать что ли?! Пришлось смириться. Правда, через полгода Женя вернулась ко мне и сказал, что ее мужчина оказался нехорошим, мол, давай снова поженимся. Я ответил: «Это что же, мы с тобой будем по осени жениться, а весной расставаться? Это нехорошо!», - вспоминает актер.
Со временем личная жизнь Сергея Петровича наладилась. Он встретил свою третью супругу - Екатерину, с которой счастлив уже 40 лет. У супругов есть сын Никонор и трое внуков.